У ДДМУ існує дві Спеціалізовані вчені ради з правом прийняття до розгляду та проведення захисту дисертацій на здобуття наукового ступеня доктора (кандидата) медичних наук:
- Спеціалізована вчена рада Д 08.601.02 за профілем:
- 14.01.10 – внутрішні хвороби;
- 14.01.11 – педіатрія;
- 14.01.36 – кардіологія.
- Спеціалізована вчена рада Д 08.601.04 за профілем:
- 14.01.01 – акушерство та гінекологія;
- 14.01.22 – стоматологія.
Спеціалізовані вчені ради із захисту дисертацій на здобуття ступеня доктора філософії
З метою подальшого удосконалення планування НДР, дисертаційних робіт, контролю виконання та ефективності впровадження отриманих результатів в практику охорони здоров’я при Державному закладі «Дніпропетровська медична академія Міністерства охорони здоров’я України» функціонують ряд проблемних комісій, які є постійно діючим органом, що здійснює наукову оцінку, прогнозування й координацію наукових досліджень та забезпечує їх виконання відповідними кадрами.
З моменту свого заснування в 1916 р., ДДМУ є одним з фундаментальних центрів вищої медичної освіти і науки в Україні і Східній Європі.
Комісія з питань біомедичної етики створена для надання консультативної допомоги й здійснення контролю забезпечення етичних та морально-правових аспектів під час проведення клінічних випробувань за участю людей та досліджень із залученням лабораторних тварин при виконанні науково-дослідних й дисертаційних робіт у Державному закладі «Дніпропетровська медична академія Міністерства охорони здоров’я України».
Студентське наукове товариство ДДМУ нараховує 38 наукових гуртків, що охоплюють понад 400 студентів. Це створює умови для творчої діяльності, набуття впевненості у своїх можливостях опанування науковими матеріалами, в досягненні необхідних професійних якостей.