З початком Другої світової війни Дніпропетровськ 25 серпня 1941 року був окупованим німецько-фашистськими загарбниками. В ці останні серпневі дні Дніпропетровський медичний інститут евакуйовався спочатку в Ставропольський край, а далі в Ташкент і Фергану. Ешелон вивозив на схід 16 вагонів цінного обладнання всіх теоретичних та частини клінічних кафедр, а також наукових співробітників та членів їх сімей, біля тисячі студентів, які побажали виїхати разом з інститутом.
У жовтні-листопаді у морфологічному корпусі недовго займалися студенти створеного Дніпропетровського українського державного університету, до складу якого було включено медичний та транспортний інститути і який незабаром був закритий. В подальшому фашисти використовували будівлю в якості житла для італійських солдат, які після невдач під Сталінградом опинилися у нашому місті.
Темпераментні теплолюбні італійці мерзли в стінах морфокорпусу. Для обігріву вони зривали дерев’яні перегородки, паркет, рубали меблі і розкладали вогнища безпосередньо в аудиторіях.
Від цього більша частина поверхів корпусу згоріла. Частина будівлі була пошкоджена під час артобстрілів й бомбардувань. Поступово її почали буквально розтаскувати – демонтували водопостачальні труби, опалювальні батареї тощо. Фактично корпус був зруйнований і став непридатним для експлуатації.
20 жовтня 1943 року Дніпропетровськ звільнили від окупантів. В цей час із співробітників медінституту в місті знаходились професори Євген Олександрович Кураєв – завкафедрою патологічної анатомії, Тихін Михайлович Степанов – завідуюч кафедрою ортопедії, Іван Васильович Корсаков – завідувач кафедрою оториноларингології, доцент кафедри загальної та органічної хімії Зінаїда Федорівна Стефановська, доцент кафедри внутрішніх хвороб Дмитро Миколайович Куцигін, декілька асистентів. Під керівництвом Є. О. Кураєва, який до літа 1944 року виконував обов’язки ректора, вони зробили перші кроки по відновленню інституту.
У 1949 році було відновлено всі корпуси інституту, і тільки морфологічний своїми руїнами нагадував про жахи минулої війни. В його підвалах розташувався воєнний склад. На руїнах стін проводилися навчання пожежників, знімалися кадри фільмів про війну, при цьому було підірвано декілька стін південного крила корпусу. Студенти післявоєнних наборів у теплу пору року забиралися на бетонні перекриття зруйнованого корпусу, там засмагали й готувалися до занять. В підвалі лівого крила, де до війни була створена спеціальна установка, зберігалися в зимовий час численні трупи для занять та наукових досліджень.
В середині 50-х в будівлі був віварій для утримання собак, для експериментальних досліджень кафедр.
Кінець 50-х–початок 60-х років ознаменувався клопотанням керівництва медінституту перед Міністерством охорони здоров’я УРСР, Дніпропетровським обкомом КПУ та облвиконкомом про відбудову морфологічного корпусу. Ректор інституту Микола Якович Хорошманенко добився в Раді Міністрів необхідного фінансування.
Почала складатися проєктна документація. Було вирішено поновити тільки центральну частину будівлі та аудиторії. А найбільш пошкоджені східне та північне крила корпусу вирішили зруйнувати до фундаменту і побудувати заново. Закипіла робота: розбиралися стіни, розчищався будівельний майданчик.
Професор Сергій Євгенович Стебельський в статті інститутської багатотиражки «Відмінник навчання» «Історія будівництва морфологічного корпусу ДМІ» так писав про ці дні:
«Невдовзі біля стін корпусу були встановлені баштові крани, на будівельний майданчик підвозилися цегла, залізобетонні конструкції. Робота кипіла і вдень, і вночі, до будівельних робіт були залучені сотні студентів, співробітників і викладачів, широко використовувалася шефська допомога різних організацій міста».
Ось як «Відмінник навчання» на своїх сторінках висвітлював один із епізодів з хроніки тих днів:
«Січень, 1960 рік. На інститутській комсомольській конференції було прийняте рішення взяти участь у відбудові корпусу. І ось в один із днів на будівництво прийшли студенти 4 курсу лікувального факультету. Шматки мерзлої землі під дужим натиском молодих рук розліталися з-під лопат і ломів. Обличчя від невеличкого морозу і роботи розчервонілися.
- Для чого нам відбудовувати? Адже ми не будемо тут навчатися! – долинув з однієї групи жіночій голос.
- Так діти наші будуть навчатися тут, - відповідає хтось.
- А давайте скоріше будувати і випускний вечір проведемо в новому корпусі, - втрутився третій голос.
Розмову підхопили інші і понеслося по рядах обговорення. Лопати з новою силою вгризалися мерзлу землю, глибина траншеї все зростала і зростала. В той час як одні копали траншеї, другі звільняли площу від різного брухту. Роботи хватало всім. Добре працювали студенти 13-го, 24-го десятків. Відбудова морфологічного корпусу – справа кожного студента».
Багато енергії в завершальний, найвідповідальніший та важкий період будівництва корпусу, поклала новий ректор інституту професор І. І. Крижанівська.
Щоденно вона контролювала всі роботи, виступала на «планерках», домовлялася про необхідну допомогу на найбільших заводах міста. Ось вже виросли стіни корпусу, розпочалися монтажні роботи в інтер’єрі. Відновлювалися сходові прогони, кахельна підлога та панелі, монтувалися опалення, водогін, каналізація. У віконних прорізах з’явилися рами, штукатурилися стіни та стеля. Розпочався монтаж амфітеатру та парт в першій та другій аудиторіях. У кінці грудня 1964 року роботи в основному були завершені, і розпочалося заселення кафедр до нових приміщень.
Урочисте відкриття морфологічного корпусу пройшло 6 квітня 1965 року. Цього ж дня у першій аудиторії відбулося засідання вченої ради інституту.
