Вступив до Дніпропетровського медичного інституту у 1939 році, але навчанню завадила війна, на фронтах якої пройшли чотири довгих роки.

1946 році Євген Іванович знову продовжує навчання і у 1951 році закінчив Дніпропетровський медичний інститут. З 1951 до 1955 р.р. – лікар-терапевт, завідуючого терапевтичного відділення лікарні будівельників Каховської ГЕС, а з 1956 року працює асистентом кафедри госпітальної терапії. З 1955 до 1973 рр. – асистент, доцент, професор, завідувач кафедри факультетської терапії №2. У 1961 році захищає кандидатську дисертацію під керівництвом заслуженого діяча науки УРСР Дзяка В.М. «Значение некоторых иммуно-биохимических показателей при ревматизме как частые проявления коллагенозов». В  1971 році захистив  докторську дисертацію «К вопросу о критерии активности ревматического процесса».

Протягом свого наукового шляху професор Ємельяненко Є.І. займався проблемами ревматизму. Науковий напрям – вивчення патогенезу та лікування ревматизму і його ускладнень. Автор трьох монографій та 86 друкованих робіт.

Євген Іванович був високоосвіченою людиною, цілеспрямованим, зібраним, організованим, мав різносторонні знання. Природа наділила його глибоким розумінням класичної літератури і музики, любив  романси і у вільний час грав їх для співробітників на фортепіано. Гарно малював.

Його вирізняла висока тактовність, повага до співробітників і студентів; був безмірно доброю людиною, простим і доступним у спілкуванні з колегами та студентами. Він був улюбленим педагогом і наставником.

За бойові заслуги Євген Іванович був нагороджений Орденом Красной Звезды, медаллю «За взятие Будапешта»,  медаллю «За победу над Германией в Великой Отечественной войне».

Професор Ємельяненко Є.І. прожив насичене, але,  на жаль, коротке життя, залишивши по собі добру і світлу пам'ять про вченого, вчителя і лікаря.

Минали роки, кафедра, яку очолював Євген Іванович, змінювала назву і клінічну базу, на теперішній час його нащадками є колектив кафедри внутрішньої медицини №3. Пам'ять про Євгена Івановича Ємельяненка вшановується в історії кафедри, матеріалах лекцій і практичних занять. Його наукові дослідження і сьогодні зберігають цінність в практичній ревматології.